Voici une implantation de ce mécanisme sur version antérieure.

Il suffit d'injecter une fonction autoloader modifié en début du fichier config.inc.php

/* Autoload */
function __autoload($className)
{
  if (function_exists('smartyAutoload') AND smartyAutoload($className))
    return true;

  $className = str_replace(chr(0), '', $className);
  $classDir = dirname(__FILE__).'/../classes/';
  $overrideDir = dirname(__FILE__).'/../override/classes/';
  $file_in_override = file_exists($overrideDir.$className.'.php');
  $file_in_classes = file_exists($classDir.$className.'.php');

  // This is a Core class and its name is the same as its declared name
  if (substr($className, -4) == 'Core')
    require_once($classDir.substr($className, 0, -4).'.php');
  else
  {
    if ($file_in_override && $file_in_classes)
    {
      require_once($classDir.str_replace(chr(0), '', $className).'.php');
      require_once($overrideDir.$className.'.php');
    }
    elseif (!$file_in_override && $file_in_classes)
    {
      require_once($classDir.str_replace(chr(0), '', $className).'.php');
      $classInfos = new ReflectionClass($className.((interface_exists($className, false) or class_exists($className, false)) ? '' : 'Core'));
      if (!$classInfos->isInterface() && substr($classInfos->name, -4) == 'Core')
        eval(($classInfos->isAbstract() ? 'abstract ' : '').'class '.$className.' extends '.$className.'Core {}');
    }
    elseif ($file_in_override && !$file_in_classes)
    require_once($overrideDir.$className.'.php');
  }
}
spl_autoload_register('__autoload');

Créer ensuite votre répertoire /override/classes

Pour toute classe que vous souhaitez modifier, changez le nom de la classe native dans son fichier pour la renommer en <class>Core
Exemple pour la classe "Order":

class OrderCore extends ObjectModel

Puis créer votre fichier override comme dans les version ultérieures.

Pratique pour normaliser tranquillement votre code en prévision d'une future migration
NOTE: Lors de votre upgrade, prenez garde à la structure du répertoire classes (ex: Order.php => order/Order.php)