J'ai résolu ce problème par un "bricolage".
Dans l'interface EBay, j'ai supprimé les conditions de livraison générées par la synchronisation de Prestashop. J'en ai créé de nouvelles.
Dans l'interface du module Prestashop,afin d'éviter que mes conditions de livraison ne soient écrasées, j'ai paramétré pour que la synchronisation ne se fasse pas sur l'ensemble du catalogue, mais uniquement sur : nouveaux produits, prix et quantité.
Ce n'est pas vraiment pratique car à chaque création de nouvelles fiches articles, je dois penser à aller changer les conditions dans Ebay. Bon, a priori, ça me prend au maximum 3 minutes par jour ... mais ça ressemble quand même à un bricolage. C'est décevant !